La chiesa di San Francesco è uno dei monumenti più importanti di Rethymno.

Era il tempio principale del Monastero dell''Ordine dei Francescani.

L''architettura del palazzo e i suoi ornamenti sono molto interessanti. Accanto al lato est del tempio sono conservate due cappelle sconsacrate.

Il portale principale è imponente, con capitelli di ordine composito.

Durante recenti scavi intorno alla chiesa sono stati rinvenuti reperti archeologici di valore, tra cui due tombe di nobili veneziani.