La città vecchia di Rethymno conserva ancora il suo antico stile veneziano e le sue successive influenze ottomane. E' stata dichiarata monumento storico protetto e insediamento tradizionale.

La città vecchia di Rethymno è un tipico esempio di centro regionale urbano, è strettamente collegata con il resto della Regione e ne rappresenta il centro educativo, commerciale, turistico, culturale e amministrativo.

I primi ritrovamenti che indicano la presenza umana a Rethymno risalgono al periodo post-minoico (1350-1250a.C.). L'antica città di "Rithymna" fiorì nel quarto e terzo secolo avanti Cristo, come dimostrano le monete d'oro e d'argento rinvenute nei siti archeologici.

Tuttavia, in seguito la città gradualmente decadde fino a diventare un villaggio comune durante il periodo romano. Non ci sono informazioni significative sulle attività della regione durante i successivi periodi storici (l'arabo e il primo periodo bizantino). Più tardi, durante il secondo periodo bizantino (961-1204 d.C.), i ritrovamenti indicano l'esistenza di un piccolo insediamento fortificato denominato “Castell Vecchio”.

Dopo la fine della quarta crociata (1204), Creta venne assegnata a Bonifacio il Momferatiko, che la vendette quasi subito ai veneziani.

Dopo un breve periodo di occupazione genovese dell'isola, causata dal ritardo nell'insediamento da parte dei veneziani, questi ultimi occuparono Creta nel 1211.

I Veneziani capirono subito l'importanza geografica e strategica di Rethymno, del suo porto e della sua zona marina mercantile di transito, in cui circolavano grandi quantità di merci.
Nel 1540, a causa dell'espansione della città oltre le mura di Castell Vecchio e alla minaccia turca che si avvicinava, le autorità veneziane decisero di rifortificare la città. I punti deboli delle nuove fortificazioni divennero evidenti nel 1571, quando i pirati di Ouloutz-Ali entrarono facilmente in città e la distrussero, bruciandola completamente. Due anni dopo, nel 1573, fu costruita la "Fortezza" sulla collina di "Paleokastro", una fortificazione atta a proteggere la città in modo più efficace da invasioni e assedi.

Nel 1646 l'Impero Turco occupò Rethymno, concludendo le operazioni di conquista qualche anno più tardi con la presa dell'intera isola di Creta.

Durante il periodo dell'occupazione turca l'isola fu scossa da numerose rivolte e insurrezioni, i cui episodi più importanti furono la rivolta del 1866 e il massacro di Arcadi.

Nel 1897, a sostegno di una nuova insurrezione, prontamente soffocata dal sultano, scoppiò la guerra greco-turca, a cui seguì l'intervento internazionale in seguito al quale Creta ottenne uno statuto autonomo, nell'ambito dell'impero ottomano; fu nominato alto commissario il principe Giorgio di Grecia. Nel 1913, dopo la fine delle guerre balcaniche, Creta fu assegnata alla Grecia con il trattato di Londra.

Nel 1924, i Cretesi turchi lasciarono l'isola e si stabilirono in Asia Minore, in ottemperanza al Trattato di Losanna che aveva decretato lo scambio di popolazione tra Grecia e Turchia. I profughi greci provenienti dall'Asia Minore presero il loro posto. Durante la seconda guerra mondiale Rethymno fu bombardata dai tedeschi e molti edifici vennero distrutti. Dopo la fine della guerra, la povertà e le cattive condizioni di vita costrinsero molti abitanti di Rethymno ad emigrare ad Atene o all'estero, in cerca di un futuro migliore.

Oggi, grazie allo sviluppo turistico, la città vecchia di Rethymno rifiorisce e attira visitatori da tutto il mondo.