Gli scavi di Eleftherna iniziarono ufficialmente nel 1985. Già nel 1929, però, il Direttore della British Archaeological School, H. Payne, fece alcune ricerche intorno all'area. Ancora prima di Payne, Arthur Evans stesso, alla ricerca dei tesori di Cnosso, visitò Eleftherna verso la fine del XIX secolo; ma dubitò della sua importanza, abbandonando il sito.

Nel 1969, due studenti trovarono due vasi in ceramica nella zona di Prinokefalo nei dintorni del villaggio di Armenoi, e li consegnarono al Museo Archeologico di Rethymno.

La Fortezza veneziana è sita sulla collina “Paleokastro”, sul lato ovest della città. Questa è la stessa collina sulla quale era situata l'Acropoli della città antica di Rithymna, insieme a un santuario dedicato alla dea Artemide.