Durante il periodo veneziano la moschea Neratzes era la Chiesa di Santa Maria, dedicata a Maria di Augustali. La piccola cappella sul lato ovest era dedicata al Corpo di Cristo.

Nel 1657, i turchi trasformarono il tempio in una moschea di nome “Gazi Housein” o “Neratzes”, che aveva anche funzioni di seminario.

Nel 1890, l''ingegnere G. Daskalakis aggiunse all''edificio un grande minareto con due balconi in pietra.

Oggi la moschea “Neratzes” è usata come conservatorio.