Η Παλιά Πόλη του Ρεθύμνου δεν σώζει πρωτοχριστιανικά και βυζαντινά μνημεία (παλαιο­χριστιανικές βασιλικές και βυζαντινοί ναοί). Άλλωστε τα χρόνια εκείνα το Ρέθυμνο παρέμενε ένας άσημος οικισμός.
Την περίοδο της Βενετοκρατίας, υπήρχαν στην πόλη 36 περίπου ορθόδοξοι ναοί. Από αυτούς σχεδόν κανείς δεν σώθηκε που να μπορούμε να τον ταυτί­σουμε με βεβαιότητα. Οι παλαιότεροι σωζόμενοι ναοί οικοδομήθηκαν κατά τον 19ο αιώνα.
Στην ευρύτερη περιοχή του Ρεθύμνου είχε αναπτυχθεί, τουλάχιστον από τη δεύτερη Βυζαντινή περίοδο, ένας σπουδαίος χριστιανικός πολιτισμός, ενώ η πόλη βρισκόταν ακόμη σε παρακ­μή. Το μαρτυρούν, εκτός από τα τοπωνύμια (Τρία Μοναστήρια, Αγία Ειρήνη, Χρωμοναστήρι), και τα ερείπια ναών και μοναστηριών που συναντούμε και σήμερα στην περιοχή. Τα περισσότερα ιδρύθηκαν κατά την περίοδο της Βενετοκρατίας, όπως η μονή της Αγίας Ειρήνης, κοντά στον ομώνυμο οικισμό, ο ναός της αγίας Παρασκευής, στη θέση Παράδεισος, ο ναός της Υπαπαντής ή Ζωοδόχου Πηγής, στα Τρία Μοναστήρια κ.ά.

Ναοί Πόλεως

• Ναός Τεσσάρων Μαρτύρων
• Ναός Κυρίας των Αγγέλων
• Μητροπολιτικός ναός
• Ναός Αγίας Βαρβάρας

Μονές

• Μονή Σωτήρα Χριστού "Κουμπέ"
• Μονή Πέτρου και Παύλου
• Μονή Αγίας Ειρήνης
• Μονή Χαλεβή