Η θέση της διακρίνεται σαφέστατα στον θαυμάσιο αναγεννησιακό πίνακα του Ρεθύμνου, που ζωγραφί­στηκε στις αρχές του 17ου αιώνα από άγνωστο μέχρι σήμερα ζωγράφο. Δεσπόζει μάλιστα στη δυτική πλευρά του λόφου, πάνω ακριβώς από την πηγή του νερού στην περιοχή του Κουμπέ. Επομένως στις αρ­χές του 17ου αιώνα η Μονή είχε ιδρυθεί. Εάν επρό­κειτο για την πρώτη ίδρυση της, ο βίος της ήταν σύ­ντομος, αφού καταστράφηκε εντελώς το 1646, όταν οι Τούρκοι κατέκτησαν το Ρέθυμνο.
Ανοικοδομήθηκε και επαναλειτούργησε ως γυ­ναικεία Μονή μόλις το 1935, όταν εγκαταστάθηκε εκεί ο γέροντας Νέστορας Βασσάλος, γνωστός αγιογράφος, ύστερα από όραμα που είδε, ενώ μόνα­ζε στη μονή Διονυσίου του Αγίου Όρους. Το δίκλιτο καθολικό είναι αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρα και στον Τίμιο Ιωάννη τον Πρόδρομο.
Οι μοναχές ασχολούνται κυρίως με την τέχνη της βυ­ζαντινής αγιογραφίας. Εξαιρετικά δείγματα της δουλειάς τους είναι οι φορητές εικόνες και οι τοιχο­γραφίες του Καθολικού.
Το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Μονής περιλαμ­βάνει τη βιβλιοθήκη του μακαριστού μητροπολίτη Τίτου Συλλίγαρδάκη (1970-1987), καθώς και πολλά ενθυμήματα του.