Σπουδαία οικιστική εγκατάσταση ανακτορικού χαρακτήρα στο Μοναστηράκι (Αμαρίου). Ιερά κορυφής στο Βρύσινα, στο λόφο Κοράκια (Ατσιπάδων) και αλλού. Σημαντικός οικισμός στην πε­ριοχή Σταυρωμένου/Χαμαλευρίου. Τόπος λατρείας στο Κραναίο άντρο (Πατσού) και στο σπήλαιο Μελιδονίου. Ίχνη κατοίκησης στην κοιλάδα Αγίου Βασιλείου (θέση Κοστίλη). Εκτεταμένος οικι­σμός στους πέρα Γαληνούς, ανατολικά των Σισών.

Γενικός μαρασμός διαδέχεται την αίγλη και την ανωτερότητα της Κρητικής Αναγέννησης.

1687 : Μεγάλος σεισμός.

1801 : Μεγάλες σφαγές Χριστιανών στο Ρέθυμνο.

1810 : Σεισμός προκαλεί ζημιές στη μονή Ασωμάτων.

1812 : Σφαγές μικρότερης έκτασης.

1821 : Ισότιμη και ισάξια συμμετοχή του Ρεθύμνου στην Επανάσταση του 1821. Νέες σφαγές και λεηλασίες σπιτιών και περιουσιών. Συλ­λαμβάνεται ο επίσκοπος Γεράσιμος Περδικάρης. Οι επαναστάτες γκρεμίζουν το τούρκικο τζαμί στα Ρούστικα. Υψώνεται η σημαία της επαναστάσεως στο Ροδάκινο (24.5.1821). Γίνονται σπουδαίες μάχες στο Σπήλι, στο Φουρφουρά και αλλού.

1822 : Οι επαναστάτες πολιορκούν το Ρέθυμνο χωρίς αποτέλεσμα. Απαγχονίζεται ο επίσκοπος Γεράσιμος Περδικάρης.

1823 : Καταστρέφεται η μονή Καλόειδαινας. Οι καλόγεροι της μονής Αρκαδίου καταφεύγουν στη μονή Αγίου Αντωνίου (Βένι Αμαρί ου). Συνέρχεται στην Αρχοντική η Γενική Συνέλευση των πληρε ξουσίων της Κρήτης.

1824 : Ολοκληρώνεται το δράμα του Μελιδονίου. Κορυφώνονται οι σφα­γές και απαγχονίζονται οι τρεις από τους Τέσσερις Ρεθυμνιώτες Μάρτυρες: Αγγελής, Μανουήλ και Γεώργιος. Πολιορκούνται οι Τούρκοι στα τείχη. Νέες σφαγές Χριστιανών.

1827 : Ολοκαυτώνεται η Λαμπινή.

1828 : Σκοτώνεται ο Τέταρτος Μάρτυρας Νικόλαος, πολεμώντας στον Πύργο του Ξωπατέρα. Οι επαναστάτες πολεμούν τους Τούρκους έξω από τα τείχη του Ρεθύμνου.

1829-30 : Η Γενική Συνέλευση των πληρεξουσίων της Κρήτης εδρεύει στις Μαργαρίτες.

1830 : Ανοικοδομείται η μονή Ασωμάτων.

1830-1841 : Περίοδος Αιγυπτιοκρατίας. Γίνονται δημόσια έργα και ενισχύε­ται η ίδρυση σχολείων.

1836 : Ιδρύεται η Σχολή του Αγίου Πνεύματος.

1838 : Συγχωνεύεται η επισκοπή Αυλοποτάμου με την επισκοπή Ρεθύ­μνης σε επισκοπή Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου.

1841-1898 : Πολλά επαναστατικά κινήματα και επαναστάσεις.

1844 : Θεμελιώνεται ο καθεδρικός ναός του Ρεθύμνου.

1850-1950 : Η πλατεία του ναού αποτελεί το πνευματικό κέντρο της πόλης. Εκεί βρίσκονται όλα τα πνευματικά ιδρύματα.

1856 : Νέος σεισμός επιβάλλει τη γενίκευση κατασκευής κιοσκιών για

λόγους ασφάλειας. Παραχωρούνται σημαντικά προνόμια στους Χριστιανούς (Χάττι Χουμαγιούν) και εκλέγεται Δημογεροντία.

1858 : Κατοχυρώνεται ο θεσμός της Δημογεροντίας.

1866-1869 : Μεγάλη Κρητική Επανάσταση. Η επαναστατική επιτροπή των Κρη­τικών που συντονίζει τον αγώνα εδρεύει στη μονή Αρκαδίου. Σπου­δαίες μάχες στο Φουρφουρά. Καταστρέφονται η μονή Αγίας Ειρήνης, το Βαθιακό και το Ατσιπόπουλο. Σημαντική μάχη στο Βιολί-Χαράκι.

1866 : Πολιορκία και ολοκαύτωση της μονής Αρκαδίου.

1867 : Μάχες στο Γερακάρι και στον Ακουμιανό ποταμό. Η μονή Πρέβελη και η ευρύτερη περιοχή δέχεται και περιθάλπει πολλούς πρό­σφυγες. Από το 1867 έως το 1897 η επαρχία Αγίου Βασιλείου ανή­κει στη διοίκηση των Σφακιών.

1868 : Σπουδαία μάχη στο οροπέδιο Ονυθέ (Βρύσινας). Από το ίδιο έτος έως το 1877 υπάρχει καθεστώς ημιαυτονομίας στο νησί (Οργανι­κός Νόμος).

1869 : Σημαντική μάχη στα Σελλιά Αγίου Βασιλείου, όπου τραυματίζε­ται θανάσιμα ο Ρεσίντ πασάς Κιουταχής.

1878 : Επιβάλλεται ο Οργανικός Νόμος με τροποποιήσεις (Σύμβαση της Χαλέπας) και παραχωρούνται ουσιαστικά προνόμια στους Χρι­στιανούς. Το ίδιο έτος η Γενική Συνέλευση των Κρητικών εδρεύει στην Αργυρούπολη Ρεθύμνου και στο Μέρωνα Αμαρίου.

1881 : Κυκλοφορεί ο «Νέος Ραδάμανθυς», η πρώτη Ρεθυμνιώτικη εφημερίδα.

1884 : Επισκευάζεται ο Φάρος.

1885 : Ιδρύεται ο Θεατρικός Σύλλογος «Αι Μούσαι» και οικοδομείται ο ναός της Αγίας Βαρβάρας στη θέση παλαιοτέρου.

1887 : Ιδρύονται ο Φιλεκπαιδευτικός Σύλλογος Ρεθύμνης και το Αρχαιολογικό Μουσείο.

1889 : Η Τουρκία ανακαλεί τα προνόμια.

1890 : Κτίζεται ο μιναρές του τεμένους Νερατζές.

1895-1896 : Η Μεταπολιτευτική Επιτροπή αλλάζει το κλίμα. «Νέος Οργανι­σμός της Κρήτης».

: Μάχες στην Επισκοπή Ρεθύμνου και στα Σελλιά Αγίου Βασιλείου.

: Διεθνής Κατοχή στην Κρήτη. Οι Ρώσοι στο Ρέθυμνο. Οικοδομεί­ται ο Καθολικός ναός του Αγίου Αντωνίου. Η Γενική Επαναστατι­κή Συνέλευση των Κρητικών συνεδριάζει στο Μελιδόνι Μυλοπο-τάμου και αποδέχεται την Αυτονομία της Κρήτης.

1898 : Αναχωρεί ο τουρκικός στρατός. Ερχεται ο Πρίγκιπας Γεώργιος.

1899 : Οικοδομείται το κωδωνοστάσιο του καθεδρικού ναού.

1900-1905 : Οργασμός στη διοικητική οργάνωση και στην ανασυγκρότηση της πολιτείας.

1905 : Σύγκρουση Ελ. Βενιζέλου-Πρίγκιπα Γεωργίου. Επανάσταση του θερίσου.

1906-1908 : Ο Αλεξ. Ζαΐμης διαδέχεται τον Γεώργιο.

1908-1912 : Η Κρητική Πολιτεία βρίσκεται σε δημιουργική πορεία με την ενεργή συμμετοχή του Ρεθύμνου, που παρά τα οικονομικά προβλή­ματα παρουσιάζει, μέχρι το 1912, μια ειδυλλιακή εικόνα. Πολλοί Ρεθυμνιώτες μετέχουν στους αγώνες 1912-1913.

1913 : Επίσημη ανακήρυξη της Ένωσης της Κρήτης με την Ελλάδα

1914 : Στο Ρέθυμνο επικρατεί ο «πόλεμος τ'' Αλατιού».

1919 – 1922 : Συμμετοχή των Ρεθυμνιωτών στο Μικρασιατικό Πόλεμο.

1923 – 1924 : Αναχωρούν και οι τελευταίοι Τουρκοκρητικοί. Στη θέση τους έρχονται οι πρόσφυγες.

1930 : Η μονή Ασωμάτων μετατρέπεται σε Γεωργική Σχολή.

1935 : Επαναλειτουργεί η μονή Σωτήρος Χριστού στον Κουμπέ.

1938 : Οι Ρεθυμνιώτες μετέχουν στο κίνημα κατά της δικτατορίας του Μεταξά και αφοπλίζονται. Ανασυγκροτείται η Δημοτική Φιλαρμο­νική, που λειτουργεί από τις αρχές του 20ου αιώνα.

1941 : Μάχη της Κρήτης· ένα από τα τρία μέτωπα της είναι το Ρέθυμνο. Ακολουθεί επιτυχημένη Εθνική Αντίσταση.

1941 – 1944 : Ρεθυμνιώτικα Ολοκαυτώματα. Σημαντικός ο ρόλος των Ρεθυμνιώ-τικων Μονών, ιδιαίτερα του Αρκαδίου και του Πρέβελη. Η μονή Πρέβελη δέχεται και περιθάλπει πολλούς αγωνιστές.

1944 – 1949 : Η περίοδος του εμφυλίου παρουσιάζει μικρή ένταση.

1945 : Η Βιβλιοθήκη Ρεθύμνου στεγάζεται στο κτίριο του Παρθεναγω­γείου, όπου παραμένει μέχρι σήμερα. Η νεοϊδρυθείσα «Πνευματι­κή Εστία Ρεθύμνης» αναλαμβάνει την ευθύνη λειτουργίας της από το επόμενο έτος.

1950 : Αρχίζει περίοδος ανασυγκρότησης, με κύριο στοιχείο την επέκτα­ση της πόλης και εκτός των τειχών.

1952 : Αρχίζει η λειτουργία του Γενικού Νοσοκομείου Ρεθύμνου.

1956 : Κατεδαφίζεται ο καθεδρικός ναός με τα παρακείμενα κτίρια και κτίζεται ο σημερινός.

1959 : Η Αγία Γαλήνη υποδέχεται τους πρώτους τουρίστες.

1965 : Ιδρύεται η Ιστορική-Λαογραφική Εταιρεία Ρεθύμνου (Ι.Λ.Ε.Ρ.)

1968 : Μεγάλη πλημμύρα.

1973 : Ιδρύεται το Πανεπιστήμιο Κρήτης με έδρα το Ρέθυμνο.

1975 : Εντείνεται η οικοδομική δραστηριότητα, με αποτέλεσμα τη δημιουργία της νέας πόλης.

1977 : Αρχίζει επίσημα η λειτουργία του Πανεπιστημίου Κρήτης στα Πε­ριβόλια Ρεθύμνου.

1978 : Λειτουργεί η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Κρήτης.

1983 : Λειτουργεί, παράλληλα με τη Δημοτική Φιλαρμονική, το Ωδείο και η Χορωδία Ρεθύμνου.

1984 : Μεγάλη πλημμύρα.

1985 : Το Ρέθυμνο αρχίζει να εξελίσσεται σε μια από τις πιο ενδιαφέρου­σες πόλεις της Μεσογείου, ένα πρώτου μεγέθους θέρετρο.

1987 : Οργανώνεται το Α'' Αναγεννησιακό Φεστιβάλ Ρεθύμνου.

1991 : Αρχίζει η λειτουργία του Αρχαιολογικού Μουσείου στο σημερινό

χώρο, ανατολικά της Φορτέτσας.

1993 : Καταρρέει ο σπουδαίος ναός (Μεταμορφώσεως του Σωτήρος)

της Καλόειδαινας.

1995 : Το Ρέθυμνο εντάσσεται στο Εθνικό Πολιτιστικό Δίκτυο Πόλεων.

1997 : Αποφασίζεται η μεταφορά των Πανεπιστημιακών Σχολών Ρεθύμνου στην Πανεπιστημιούπολη του Γάλλου.