Προστατευόµενα είδη πτηνών µε παρουσία στην περιοχή Δήμου Ρεθύμνης
Γυπαετός (Gypaetus barbatus)
Μέχρι τις αρχές του αιώνα, ο Γυπαετός ήταν αρκετά κοινός σε όλα τα βουνά της ηπειρωτικής Ελλάδας και την Κρήτη αλλά και σε ορισμένα μεγαλύτερα νησιά όπως η Ρόδος. Κατά τη δεκαετία του 1980 εκτιµάται ότι ο πληθυσμός του είδους αριθµού σε 35 περίπου ζεύγη, 12 από αυτά στην Κρήτη. Κατά την προηγούμενη δεκαετία ο μοναδικός βιώσιµος πληθυσµός εντοπίζεται στην Κρήτη µε έντονη πτωτική τάση, αφού το 1995 εκτιµάται ότι υπήρχαν 9-10 ζευγάρια, ενώ το 2001 µόλις τέσσερα µε συνολικό αριθµό ατόµων όχι περισσότερα από 25 άτοµα.
Ενέργειες για τη διάσωσή του πραγματοποιούνται από την Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρία.
Όρνιο (Gyps fulvus)
Το Πρασσανό φαράγγι είναι σηµαντικός τόπος για την εύρεση τροφής του Όρνιου. Εκεί υπάρχουν ορεινοί φρυγανότοποι και αραιά δάση. Μεγάλες σχετικά συγκεντρώσεις του είδους είναι συχνές, ειδικά το καλοκαίρι. Θέσεις κατάλληλες για φώλιασµα βρίσκονται τόσο εντός του φαραγγιού, όσο και εκτός. Τα πουλιά δημιουργούν αποικίες και φωλιάζουν στην περιφέρεια του βουνού κοντά στα χειμαδιά των κοπαδιών. Με αυτό τον τρόπο αποφεύγουν τις αντίξοες καιρικές συνθήκες ενώ ταυτόχρονα βρίσκονται πιο κοντά στη τροφή τους.
Χρυσαετός (Aquila chrysaetos ssp homeyeri)
H ευρύτερη περιοχή του Ψηλορείτη περιλαμβάνει τέσσερις επικράτειες Χρυσαετού. Στην περιοχή του Πρασσανού φαραγγιού, κάνει αραιά την εμφάνισή του. Η καταδίωξη του είδους από τον άνθρωπο είναι έντονη και το µμοναδικό γεγονός που διασώζει το είδος είναι η σχετική αφθονία τροφής (πέρδικες κυρίως) και η ύπαρξη νέων πτηνών, που καλύπτουν τις απώλειες των ενηλίκων.
