Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου υπάγεται στην ΚΕ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Βρίσκεται στην καρδιά του ιστορικού κέντρου του Ρεθύμνου και στεγάζεται στην βενετσιάνικη εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου. Τα εκθέματα του δίνουν μια διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του νομού από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Παρουσιάζονται κατά χρονολογικές ενότητες και κατά ανασκαφικά σύνολα.