Gli scavi di Eleftherna iniziarono ufficialmente nel 1985. Già nel 1929, però, il Direttore della British Archaeological School, H. Payne, fece alcune ricerche intorno all''area. Ancora prima di Payne, Arthur Evans stesso, alla ricerca dei tesori di Cnosso, visitò Eleftherna verso la fine del XIX secolo; ma dubitò della sua importanza, abbandonando il sito.

Le rovine furono scoperte in una vasta area, situata ai piedi del Monte Psiloritis, a circa 25 chilometri dalla città di Rethymno. Tra i motivi che contribuirono alla floridezza di Eleftherna: il posizionamento ideale, al centro di Creta e poco lontano dalle città antiche di Kydonie, Cnosso, Festo e Gortina; l''acqua potabile dei torrenti che scendevano dal monte; la protezione naturale che garantiva la collina; la grande superficie per coltivare la terra e per il pascolo; i doni della terra come il miele, le erbe e la pietra calcare, della quale si servivano per le opere architettoniche e sculture.

Le prime tracce di presenza umana è stata datata dagli archeologi dal terzo millennio avanti Cristo. I ritrovamenti più importanti sono stati scoperti in tre differenti posti sulla collina: Orthi Petra sul versante occidentale, Pyrgi nella parte alta della collina e Katsivelos sul lato nord. Altri ritrovamenti importanti sono stati trovati nell''area di Nisi, nella quale vennero trovate le rovine del periodo ellenistico.

A Orthi Petra è stata portata alla luce una necropoli risalente al Periodo Antico e Geometrico, costruzioni e strade del Periodo Ellenistico e Romano. A Pyrgi, dove si crede ci fosse il centro della città antica, invece, gli archeologi hanno scoperto parte degli edifici di epoca romana e paleocristiana.

Nel sito si può distinguere, pertanto, tre principali periodi: il periodo dei poemi omerici, dal IX al VII secolo a.C.; il periodo ellenistico e romano; e il periodo paleocristiano. La longevità delle sue rovine fanno di Eleftherna un sito archeologico tanto importante quanto quello di Cnosso.

Di recente il Ministero della Cultura e la Regione di Creta hanno completato l''opera di copertura della necropoli di Orthi e della basilica paleocristiana di Katsivelos.

Nel quadro di un programma di protezione e valorizzazione del sito archeologico, finanziato dallo stesso Ministero della Cultura, sono stati creati sentieri, scalinate di legno e pannelli esplicativi all''interno del paesaggio d''interesse storico, conosciuto, ormai, con il nome di "Alsos Eleftherneon".

Nel programma di valorizzazione della zona, inoltre, per rendere accessibili al grande pubblico i tesori di questa antica città, sono iniziati i progetti per la creazione del Museo di Eleftherna.