Από τη Φορτέτζα Ρεθύμνου, στη φυσική χερσόνησο που ξεχωρίζει στη βόρεια ακτή και που αργότερα κατέλαβε το βενετικό φρούριο, προέρχεται θραύσμα αρχαϊκού κρατήρα, το οποίο παρέχει την πρωιμότερη ένδειξη κατοίκησης κατά τους ιστορικούς χρόνους.

Η θέση φαίνεται να ανθεί κατά την ελληνιστική περίοδο. Υπάρχουν αρκετές επιγραφές του 3^ου και 2^ου αιώνων π.Χ. που αναφέρουν το όνομα της αρχαίας πόλης ως εθνικό, ενώ τα νομίσματα της περιόδου επιβεβαιώνουν την ανεξαρτησία της. Διάφορα λαξεύματα που εντοπίστηκαν στο πλαίσιο της μελέτης της Φορτέτζας ταυτίζονται με θεμελιώσεις σπιτιών των χρόνων αυτών.

Πρόσφατα ήλθαν στο φως τμήματα μεγάλου σπιτιού του 3^ου - 2^ου αιώνων π.Χ., στην πλατεία που ανοίγεται στα ανατολικά του επιπρομαχώνα του Αγίου Λουκά. Ελληνιστικά κατάλοιπα επεκτείνονται σε ολόκληρη την έκταση της Φορτέτζας και αναδεικνύουν ένα οικισμό που είχε προφανώς σχέση με τη θάλασσα. Στη δυτική ακτογραμμή, εξάλου, διακρίνονται δύο διπλοί νεώσοικοι λαξευμένοι στο φυσικό βράχο.

Η Ρίθυμνα εξακολουθεί να κατοικείται κατά την περίοδο της ρωμαιοκρατίας. Την εποχή απλώνεται πέρα από το λόφο της Φορτέτζας, στο παράλιο τμήμα ανατολικά του λόφου. Στην πλατεία Κιουλούμπαση και την περιοχή του τελωνείου εντοπίστηκαν λείψανα κτιρίων.

Μια ομάδα θαλαμωτών τάφων που χρονολογούνται στην ύστερη φάση της τελικής ανακτορικής περιόδου ήρθαν στο φως μέσα στα όρια της πόλης του Ρεθύμνου, στην περιοχή Μασταμπά, νότια της παλιάς πόλης.
Το 1947, κατά τη διάνοιξη θεμελίων οικοδομής, εντοπίστηκε θαλαμωτός τάφος πεταλοειδούς κάτοψης, από τον οποίο διασώθηκαν τα κτερίσματα (ένας μεγάλος κρατήρας, μια κύλικα και τρεις ψευδόστομοι αμφορείς) που χρονολογούνται στην ΥΜ ΙΙΙ Β περίοδο. Ο τάφος αυτός και πιθανόν ένας δεύτερος, από τον οποίο προέρχεται ένας αμφορέας και θραύσματα, θα πρέπει να τοποθετηθούν στην περιοχή πίσω από τη Σχολή Χωροφυλακής.

Μια δεύτερη συστάδα εντοπίστηκε στο νότιο μέτωπο της οδού Χατζημιχάλη Γιάνναρη, επίσης νότια της παλιάς πόλης. Τέλος, ένας ακόμα ΥΜ ΙΙΙ Β τάφος ανάλογης αρχιτεκτονικής μορφής και κτερισμένος με δύο ψευδόστομους αμφορείς ανασκάφηκε σωστικά στην πλατεία Μητροπόλεως.