Οι ανασκαφικές έρευνες που ξεκίνησαν από το Πανεπιστήμιο Κρήτης το 1985 στην περιοχή των σύγχρονων χωριών Ελεύθερνα και Αρχαία Ελεύθερνα, έφεραν στο φως σπουδαία τμήματα της αρχαίας πόλης. Το αρχαιολογικό ενδιαφέρον επικεντρώνεται σ' ένα λόφο ανάμεσα σε δύο συγκλίνοντες χείμαρρους. Στη θέση «Ορθή Πέτρα» (δυτική πλευρά λόφου), ο καθηγητής Ν. Σταμπολίδης έχει αποκαλύψει νεκρόπολη των γεωμετρικών και αρχαϊκών χρόνων καθώς και ελληνιστικά και ρωμαϊκά κτίρια που οικοδομήθηκαν πάνω στα προγενέστερα. Στη θέση «Πυργί» (κορυφή λόφου) ο καθηγητής Αθ. Καλπαξής ανέσκαψε τον πυρήνα του οικισμού και στη θέση «Κατσίβελος» (ανατολική πλευρά λόφου) ο καθηγητής Π. Θέμελης έφερε στο φως μέρος του οικισμού που περιλαμβάνει ελληνιστικούς τοίχους, ρωμαϊκά κτήρια, λουτρά καθώς και παλαιοχριστιανική βασιλική με ψηφιδωτό διάκοσμο.