Η μοναδική θέση της πάνω σε ύψωμα με πανοραμική θέα προς το Ρέθυμνο καθώς και η πλούσια βλάστηση της περιοχής, γοήτευσε τους ανθρώπους ήδη από την αρχαιότητα. Αυτό μαρτυρεί η εύρεση επιγραφής όπου αναφέρεται το τοπωνύμιο "Αμνάτος", καθώς και η υπόθεση ορισμένων ερευνητών ότι σ' αυτήν ακριβώς την περιοχή θα πρέπει να υπήρχε αρχαία πόλη με το όνομα Τρίποδος. Χωρίς αμφιβολία μέγιστη άνθιση γνώρισε το χωριό κατά τη βενετοκρατία, οπότε και αναφέρεται ως Amnato. Αυτό μαρτυρεί ο φρουριακού τύπου πολεοδομικός ιστός καθώς και τα μοναδικά βενετσιάνικα κτήρια με κορυφαίο το μέγαρο των Sanguinazzo. Στο τριγωνικό θύρωμα του σπουδαίου αυτού σπιτιού υπήρχε ο θυρεός της οικογένειας, ο αετός και το επίγραμμα: Initium sapientiae timor Domini (= Αρχή Σοφίας φόβος Κυρίου). Αργότερα, στα χρόνια της Τουρκοκρατίας το χωρίο κατοικήθηκε από Οθωμανούς που θα πρέπει να είχαν χτίσει τζαμί με μιναρέ, όπως μαρτυρεί στις περιγραφές του ο περιηγητής Pashley. Από την ίδια εποχή έχουν εντοπισθεί ερείπια τούρκικου πύργου έξω από το χωριό. Στα νεότερα χρόνια φιλοξένησε την περίφημη «Σχολή Αρκαδίου», όπου φοιτούσαν οι Μοναχοί της Ιεράς Μονής. Η Αμνάτος σχετίζεται στενά και με το ολοκαύτωμα του Αρκαδιού μια και οι πιο πολλοί από τους κατοίκους της βρισκόταν στο μοναστήρι την τραγική εκείνη ώρα. Ανάμεσά τους η ηρωίδα Χαρίκλεια Δασκαλάκη ή Δασκαλοχαρίκλεια με τους τρεις γιούς της. Προς τιμήν της αλλά και όλων των πεσόντων Αμνατσανών, περήφανοι οι απόγονοί τους, έστησαν μνημείο στο κέντρο του χωριού. Αξίζει να επισκεφθούμε το Λαογραφικο Μουσείο καθώς και το «Δημοτικό Μουσείο Ιστορίας Ελληνικής Εκπαίδευσης».