Για να γνωρίσει κανείς την ιστορία του Ρεθύμνου σε όλες τις χρονικές περιόδους, τα επιτεύγματα και τον τρόπο ζωής των κατοίκων του, δεν έχει παρά να επισκεφτεί τα μουσεία της πόλης και να δει από κοντά τους θησαυρούς που εκτίθενται. Στην ενότητα που ακολουθεί γίνεται σύντομη αναφορά στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου και στο Ιστορικό Λαογραφικό Μουσείο της πόλης.